พระรัตนธัชมุนี มีนามเดิมว่า จู ทีปรักษพันธุ์ เกิดเมื่อวันอาทิตย์ แรม 6 ค่ำ เดือนยี่ ปีวอก ตรงกับที่ 19 มกราคม พ.ศ. 2415 (นับแบบปัจจุบันเป็นปี พ.ศ. 2416) ภูมิลำเนาอยู่ตำบลเกาะยอ อำเภอเมืองสงขลา เป็นบุตรคนที่ 3 ของนายทอนกับนางเซ่งเนียว[1] เรียนหนังสือกับบิดาจนมีอายุได้ 11 ปี จึงเรียนภาษาบาลีกับพระอาจารย์ตุ้ย วัดท้ายยอ พระปาน และพระอธิการรอด[3] อายุ 15 ปี ท่านบวชเป็นสามเณรอยู่ 1 ปี จึงลาสิกขาไปเรียนวิชาแพทย์และพาณิชกับครอบครัว และช่วยครอบครัวทำธุรกิจ ถึงวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2436 ท่านจึงได้อุปสมบทที่วัดมัชฌิมาวาส จังหวัดสงขลา โดยมีพระภัทรธรรมธาดา (แจ้ง ภทฺทิโย) เป็นพระอุปัชฌาย์ พระวินัยธรรม (หนู านาโณ) เป็นพระกรรมวาจาจารย์ เสร็จพิธีเวลา 17.05 น.[4]

พ.ศ. 2441 ได้เข้ามาถวายตัวเป็นศิษย์ในสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เข้าศึกษาที่มหามกุฏราชวิทยาลัย วัดบวรนิเวศราชวรวิหาร อยู่ 3 ปี เข้าสอบได้เปรียญเอก (เทียบเท่าเปรียญธรรม 3 ประโยค) แต่นั้นสมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ก็ทรงฝึกสอนเอง ได้เข้าแปลพระปริยัติธรรมในสนามหลวง ณ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม เป็นเปรียญธรรม 4 ประโยค เมื่อ พ.ศ. 2444 และเข้าสอบได้อีกปีละประโยค จนได้เปรียญธรรม 5 ประโยคในปี ร.ศ. 121 (พ.ศ. 2445)[5] ได้เปรียญธรรม 6 ประโยคในปี พ.ศ. 2446[6] ต่อมาถึงปี ร.ศ. 124 (พ.ศ. 2448) เข้าแปลพระปริยัติธรรมอีกครั้งได้เป็นเปรียญธรรม 7 ประโยค[7]

ต่อมาท่านทุพพลภาพและอาพาธด้วยโรคเส้นประสาทพิการ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้ลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดมัชฌิมาวาสและเจ้าคณะจังหวัดสงขาตั้งแต่วันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2472[8] แล้วกลับมาจำพรรษาที่วัดบวรนิเวศวิหาร